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HPC Clusterについて

1.構成・概要

高速・大量の計算処理を行う HPC (High Performance Computing) Cluster の試行を行っています。具体的にはスリムタイプのデスクトップPCを処理ユニット(PU)として使用し、計10台を2系統のLANで相互に接続し、KVM装置を経由してキーボード/モニタ/マウスに接続しています。

 HPC Cluster 構成イメージ MML 構成イメージ

2020年5月に、PUのバージョンアップを行いました。当面は、PU-#00 / #09 [New] を使用し、PU-#0 / #9 [old] は補助・予備系として使用する予定です。

諸元 PU-#00 / 09 [New] PU-#0 / 9 [Old]
CPU model Intel i5 Intel Core Duo
clock 3.2GHz 2.66GHz
core/thread 4/4 2/2
メモリ 8〜16GB 4GB
記憶装置 SSD HDD
GPU nVIDIA GT730 nVIDIA GT730
LAN (NIC) 1Gbps/1Gbps 100Mbps/1Gbps
ホストOS Windows 10 Window VISTA

2.応用方法

高速・並列計算環境を構築し、物理シミュレーション、画像レンダリングなどに使用する予定ですが、ハードウェアの動作確認も兼ねて、分散コンピューティングによりタンパク質の折りたたみ構造の解析に取り組む Folding@home に参加し、計算リソースの提供を開始しました。このプロジェクトは2000年にスタンフォード大学を中心に開始され、世界中のパソコンが参加した分散処理による分子運動シミュレーションによって、新型コロナウイル対策、ガンやアルツハイマー病などの治療への貢献を目指すものです。 ( Folding@home HP )

シミュレーションイメージ

このプロジェクトには、同プロジェクトのホームページから専用のソフトウェアをダウンロードし動作させることにより簡単に参加することが出来ます。どれ位の負荷で動作させるかは Light / Medium / Full から、また、常時動作/アイドル時動作も設定可能です。下記はFull常時動作させた時の画面、負荷の様子です。

操作画面 負荷状況(GPU) CPU負荷

試行的に、PU-#00 / 09と他の2台のPC、計12台を、常時Full動作させています。なお、武蔵野メディア研究所は Kaz_Tanaka Team 265080 として参加しています。

停止(スタンバイ)状態 動作(シミュレーション実行)状態

Folding@homeプロジェクトでは "I am One in a Million" をキャッチフレーズにしていますが "I am Tens in a Million" として貢献出来ればと考えています。 


(c) MML Kaz Tanaka [ Release 2020. 5. 5 ]  ご意見・ご感想をお待ちしています。(連絡先)